实验中心通过多年的运行，根据自身的建设目标规划，为保障实验教学和开放的需要，不断整合优化实验室资源，提高仪器设备和实验经费的使用效益，实现实验室资源共享，逐步建立了合理有效的管理体制，保证了实验室管理和实验教学的规范化。

中心实行学校与学院二级共同管理。学校成立了“实验室工作委员会”和“实验室工作专家委员会”，负责对实验室和实验教学示范中心建设的总体布局规划、实验队伍建设等方面进行研究、咨询，并提出建设性建议。学院是实验中心的业务领导单位，同时学院雄厚的教学与科研能力也为中心开展综合实验、开放实验、创新实验提供强大支持。

中心实行主任负责制，中心主任全面负责中心的运行与管理，负责协调和制订中心的建设与发展规划，组织实施实验教学改革以及实验室条件建设。中心教师及实验技术人员根据教学需求，分别划分在相应的教学和科研团队中，每学期前根据教学计划由中心主任进行一定的调整，以保证教学任务的完成。